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一、教育目標
- 培養具有人文精神宗教思想之宗教學術人才。
- 培養具有宗教人文精神之宗教弘化人才。
- 培養具有宗教家情懷之社會服務人才。
- 培養具有宗教家精神之教育人才。
二、教學特色
博士生在一年級下學期結束前，須從本系「印度佛教」、「漢傳佛教」、「藏傳佛教」、「佛學資訊」四領域中，選擇主修（即博士論文研究方向）與副修領域。以便深入研究各大傳統的精華，培養專業的研究能力。其課程設計原則與特色如下：
1.學術課程：
(1)語文科目：
開設梵、巴、藏文等佛典語言，以培養研讀原典能力，並加強英、日文等現代語言的學習，以利於廣泛運用國際各類研究資料。
(2)學科專題：
佛教禪修專題、佛教禪修與現代科學之整合研究。阿含學專題、阿毘達磨專題、中國佛學各宗基本論典研究、中國各宗派大師思想或專著之研究、中國佛學之國際研究現況和趨勢之評析、佛教與中國文化專題。印度各大學派思想研究、梵語佛典研究、南傳佛教研究。藏傳佛教專題、藏傳修心法要研究、藏傳祖師著作研究、印藏中觀思想比較研究等。
此外亦開設佛學資訊各種相關課程，以培養兼具佛學資訊知能之科際整合人才。
2.行門課程：
本系學生將經由行門與福業課程的規劃，修習如朝暮定課、禮懺法門、念佛法門、禪修法門、或禪庭設計等課程，將禪修次地實際地運用於日常生活中。藉由宗教實修的體驗，令學生體驗佛法對於淨化個人身心乃至轉移社會風氣、建設人間淨土的積極功能。
三、博士班發展方向與重點
(一)實用性課程發展
- 經由實際教學，確立漢傳佛教研修的發展規模。
- 與海內外漢傳佛教研修相關院、校交流，配合時代，進行課程的調整。
- 結合傳統與現代，培養具國際宏觀之宗教師。
- 為社會民間佛教教育、文化、出版事業機關培植所需之人才。
- 不與一般現有之佛學院所所開之課程所欲培植之人才相重疊，自行開拓學生就業之管道。
(二)教學與實修並重
- 強化宗教師行儀和作務與弘化，解行並重，設置外國學生漢傳佛教研修獎學金，使本校成為全世界重要的漢傳佛教研修機構。
- 與法鼓山世界佛教教育園區境教結合，發展宗教教育的國際視野與胸襟，帶動佛教研修風氣。
- 舉行各種國際漢傳佛教課題研修座談會。
- 積極架設校務系統，除行政作業數位外，教學與研究充分應用電子資訊，並籌設數位學習系統，以彌補學習時間與空間的障礙，充分達到學習的目的。
- 以遠距教學方式，在全台各地分享及貢獻本土的宗教教學資源。本院博士班的設立將可建立完整的佛教高等教育資源，亦能將教學資源完整的貢獻出來。
(三)結合社會脈動
- 本校欲造就之人才有能力以人文及宗教情操深入社會，從事基層社會服務與社會工作，能與民眾打成一片。
- 社會脈動緊密結合，並與各宗教事業單位合作，落實宗教師的慈悲心與菩提心。
- 參與相關的社會服務與關懷，落實法鼓山大學院教育、大關懷教育與大普化教育三者緊密結合的願景，真正地將佛法的慈悲與智慧落實於社會中。
(四)增進國際合作
- 本校與世界各地知名的學校或宗教系所，簽有學術交流與合作的合約，能順利執行與國外學校的博士生交換及博士後研究等學術交流與合作。
- 積極參與及舉辦宗教交談性活動，促進宗教交流與溝通，以達成宗教帶動社會與世界和平的使命。
- 與世界各地區各佛教研究機構進行資訊交流，並舉行各種國際漢傳佛教課題研修座談會。
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